El poema y el comentario de la Llama de amor viva fueron compuestos en el convento de los mártires de Granada, en 1584 (o 1585), mientras era vicario provincial de Andalucía. Según testigos, fueron escritos en quince días, a petición de Ana de
Peñalosa, una de sus hijas espirituales. Hubo un poco más tarde una segunda redacción, ligeramente aumentada.
En esa obra aparece retratado con especial fuerza el proceso místico.